某天，春日部防卫队在野外玩耍时，小新意外打开了一个刻着“珍”字的古老卷轴。霎时间，一个自称“珍风忍者”的幽灵——才蔵从卷轴中飞出。他声称自己是400年前最强忍者，却因使用了禁忌的“珍风术”而变成幽灵。现在，他的宿敌“暗影军团”即将复活，必须找到传人再次封印它们。才蔵看中了小新那异于常人的“迟钝”和“灵活性”（实则是捣蛋天赋），以及风间的“理论知识”，强行收他俩为徒。于是，小新用“屁拳”和“动感超人光波”，风间用“理论派忍法”，配合阿呆、妮妮和正男，展开了一场搞笑又热血的忍者修行。最终，他们必须潜入幽灵城堡，用“珍风术”的核心——即“用快乐与无厘头化解一切怨恨”——来打败暗影军团。
本作回归了蜡笔小新剧场版最擅长的“胡闹中见真情”风格。将忍者题材与幽灵元素结合，脑洞大开。小新与风间的“CP感”是本作最大卖点，笑中带泪，最后珍风忍术的真正含义让人心头一暖，非常适合全家观看。
退役潜艇被用于旅游观光，却在深海遭遇现代海盗的武装劫持。
三个90后小镇青年为了追星，在千禧年前夜策划了一场注定失败的“春晚”。
外星异魔寄生到人体后，让宿主获得超能力，但代价是逐渐丧失人性。
三个不同年龄段的男人，为了争夺北美年度“观鸟大年”冠军，展开了疯狂的追鸟竞赛。
村里唯一一张乒乓球桌被洪水冲走，七个孩子用木板和废料自制球台，梦想打进省队。
海底地震释放出远古鲨鱼群，一群潜水者必须在氧气耗尽前逃出深海裂缝。
一位垂死的老作家发现自己每天醒来都会变成一种新的生物，从虫子到飞鸟，他开始重新理解什么是“活着”。
世界杯前夕，雷米特金杯在展览馆不翼而飞，四个互不相识的小贼同时宣称自己才是真凶。